Las organizaciones que acompaña PBI han sido objeto de muchos incidentes de seguridad, incluyendo amenazas, seguimientos, operaciones de inteligencia ilegales, planes de asesinatos, secuestros y campañas de desprestigio.
Asociación Campesina del Valle del Río Cimitarra, Acvc: 2012 a 2013, 2014, 2015 a 2016
Corporación Colectivo de Abogados José Alvear Restrepo, Ccajar: 2010 a 2013, 2014 a 2016
Comisión Intereclesial de Justicia y Paz, Cijp: 2009 a 2013, 2014, 2015, 2016
Corporación Social para la Asesoría y Capacitación Comunitaria, Cos-pacc: 2007 a 2016
Claudia Julieta Duque: 2015-16
Corporación Regional para la Defensa de los Derechos Humanos, Credhos: 2014, 2015, 2016
Fundación Nydia Erika Bautista, Fneb: 2014 a 2015
Fundación Comité de Solidaridad con los Presos Políticos, Fcspp: 1990 a 2013, 2015, 2016
Asociación para la Investigación y Acción Social, Nomadesc: 2010 a 2012, 2014 a 2016
Movimiento Nacional de Víctimas de Crímenes de Estado, Movice: 2016
Población civil en medio del conflicto armado
Comunidad de Paz de San José de Apartadó (Antioquia): 2014, 2015, 2016
Cacarica (Chocó): 
Curbaradó y Jiguamiandó (Chocó): 2005-13, 2014, 2015, 2016
Espacio Humanitario Puente Nayero (Buenaventura): 2014, 2015, 2016
Zona de Reserva Campesina del Valle del Río Cimitarra: ejecuciones extrajudiciales